Existen millones de microorganismos en toda la superficie y cavidades del cuerpo humano conectadas con el exterior que se denomina microbioma. La correcta colonización por microorganismos del intestino (microbiota) es de vital importancia para la salud del individuo porque participa en múltiples procesos fisiológicos como el normal desarrollo somático, la nutrición, el estado inmunitario, etc.

Cada individuo alberga un patrón distintivo de comunidades microbianas con muchas cepas únicas que no se encuentran en otros individuos. Además, en un mismo individuo existen diferencias entre los distintos tramos del tubo digestivo, y también entre las heces y la mucosa intestinal, aunque generalmente se detectan las mismas cepas pero en proporciones distintas. A pesar de que la dieta, la ingesta de fármacos, los viajes o el tiempo de tránsito colónico, generan variabilidad en la composición microbiana de las muestras fecales de un mismo individuo, el ecosistema de la microbiota tiende a volver a equilibrarse para mantener su patrón típico y original, por ejemplo, después de un episodio de diarrea aguda o después de un tratamiento con antibióticos. Es más, algunas enfermedades crónicas no transmisibles (atopias, síndrome metabólico, enfermedades inflamatorias, cáncer, trastornos funcionales digestivos y algunos trastornos de la conducta) se asocian a la disbiosis, que se define como pérdida de la riqueza de especies en la microbiota intestinal y desviación del entorno microbiano ancestral.

El uso de antisépticos y antibióticos y los hábitos dietéticos de la sociedad industrializada son los principales causantes de la disbiosis, que se caracteriza por la pérdida o la representación insuficiente de especies beneficiosas, que habitualmente son dominantes a nivel intestinal, y se sustituyen con un aumento de especies minoritarias que, a menudo, incluyen patobiontes o patógenos oportunistas. Los cambios de esta flora intestinal pueden ser específicos de cada enfermedad, e incluso conllevar una alteración global de la estructura de la microbiota o la pérdida o la adquisición de especies concretas. Por ejemplo, en el caso de diarreas asociadas a antibioterapia se puede producir un síndrome del intestino irritable postinfeccioso o un sobrecrecimiento de especies oportunistas, como el Clostridioides difficile, que se asocia a la colitis pseudomembranosa.